林强研究员在海洋生物多样性形成与适应进化研究领域取得了显著的科研成果，尤其在岛礁生态系统演化和深海物种多样性形成与资源保护方面。以下是他的主要成就：

1. 海马腹鳍丢失之谜：国际上率先破解了这一科学难题，阐明了鱼类复杂性状的进化与遗传调控机制。

2. 鱼类雄性繁殖模式与免疫器官丢失的协同进化：发现这一特征，并创新性地阐明了鱼类胎盘产生的进化规律。

3. 礁栖关键生物类群生物地理格局演化：揭示了这些类群演化的异质性特征。

林强研究员的研究成果发表在多个国际顶级期刊上，如《Nature》、《Science Advances》、《Nature Communications》等，累计发表论文170余篇，拥有30余件国内外发明专利，并主编了4部专著。他的部分科研成果被评选为“中国海洋十大科技进展”、“中国海洋生态学领域十大进展”和“中国海洋湖沼十大科技进展”。

此外，林强研究员获得了多项荣誉和奖项，包括：

- 中国科学院青年科学家奖

- 入选国家“WR计划”科技创新领军人才

- 科技部中青年科技创新领军人才

- 国家杰出青年基金延续项目、国家杰出青年基金、国家优秀青年基金、国家863青年科学家、广东省杰出青年基金项目获得者

- 国家重点研发计划项目、科技基础调查专项项目首席科学家

- 中国科学院海外创新团队负责人

- 广东省特支计划科技创新领军人才

- 中科院卢嘉锡青年人才奖

- BGI国际海洋青年科学家新锐奖

- 中国科学院杰出科技成就奖（突出贡献者）

- 曾呈奎海洋青年科技奖

- 以第一完成人获得广东省自然科学奖一等奖、海洋科学技术奖一等奖